Jasnogórski Instytut Maryjny został erygowany w 1957 roku początkowo w ramach Biblioteki maryjnej na pokojach królewskich w klasztorze jasnogórskim. Jego celem była koordynacja duszpasterstwa maryjnego, zarówno na Jasnej Górze, jak i w całej Polsce. W czasie posługi Prymasa Tysiąclecia, Sługi Bożego kard. Stefana Wyszyńskiego, odegrał on ważną rolę inspiratora duszpasterstwa maryjnego zwłaszcza w pomocy realizacji wielkiej nowenny, ślubów jasnogórskich i peregrynacji Obrazu Nawiedzenia. Po przeniesieniu siedziby Instytutu do tzw. Domu Pątnika w 1990 roku, działalnością Instytutu aż do 2014 roku kierował o. dr Jan Pach. Następnie w latach 2014 – 2018 dyrektorem Instytutu był o. dr hab Michał Legan a w latach 2018 – 2020 o. dr Mariusz Tabulski. Aktualnie, od września 2020 roku pełni tę funkcję o. dr Grzegorz Prus.

Integralną częścią Instytutu jest Biblioteka Maryjna. Pierwotnie mieściła się w budynku „Pokoi Królewskich” w środku Jasnej Góry. Obecnie księgozbiór znajduje się w budynku Jasnogórskiego Ośrodka Duszpasterskiego przy skrzyżowaniu ulic: św. Barbary, 7 Kamienic i O. A. Kordeckiego. Od 1995 roku Biblioteka Maryjna jest członkiem Federacji Bibliotek Kościelnych FIDES. Książki są katalogowane komputerowo w systemie MAK. Obecny księgozbiór liczy ok. 20 000 książek oraz 45 tytułów czasopism mariologicznych i maryjnych,  zarówno polskich jak i obcojęzycznych.

Jasnogórski Instytut Maryjny to miejsce popularyzacji mariologii w najważniejszym polskim sanktuarium maryjnym. Jego działalność obejmuje: wykłady, konferencje, dyskusje, pokazy filmowe, wydarzenia modlitewne. Swój przekaz kierujemy do teologów, osób świeckich i duchownych, osób konsekrowanych, wspólnot, pielgrzymów jasnogórskich, a nawet dzieci i młodzieży.

Jasnogórski Instytut Maryjny z chwilą wpisu do Krajowego Rejestru Sadowego, dnia 27 marca 2019 r. uzyskał status organizacji pożytku publicznego. Nr KRS: 0000778998